正德十六年，武宗駕崩，朱厚熜即位，建元嘉靖。李言聞被封為太醫院吏目。 　　李言聞好友吳藥師因治錯小郡主的病，被關入牢中。吳藥師臨終托孤，將女兒吳斯語許配給李時珍。 　　長大後李時珍進陽明書院學習，和荊王府世子朱成翊成為同學。朱成翊希望拉攏李時珍為自己所用，卻被李時珍嚴詞拒絕。朱成翊遂與李時珍成了死對頭。 　　李時珍偶遇一個美麗的少女朱萇葶，卻發現她脈象異常，命不久已。李時珍給她治療多年頑症，兩人產生愛慕之情。一次偶然的機會，李時珍發現少女居然是荊王府郡主。 　　李時珍希望能考取功名，得個一官半職，與萇葶也不是不可能。朱成翊得知李時珍趕考，便派人買通主考官。 　　李時珍被考官誣陷舞弊，趕出考場。李時珍心結鬱積，一病不起。 　　萇葶暗中派人送信與李時珍商量私奔，得不到任何回應，失望之餘病情加重，也卧倒不起。荊王急忙下令要李言聞替女兒看診，可是李時珍命在旦夕，李言聞根本無法離開。危急時刻，斯語出面坦承自己的藥膳是治療郡主的關鍵，立下生死狀，進入荊王府救治萇葶。 　　成翊要求斯語留在自己身邊，在王府享受榮華富貴，被斯語拒絕。 　　李時珍終於和斯語完婚，並且跟隨父親正式開始行醫。　　李時珍經過幾輪考試，終於進入太醫院。 　　此時朱萇葶拜道士陶仲文為師，整日沉迷於煉丹食丹不能自拔；而藍行義則和已成為楊妃的楊雪英勾結，利用所學醫術，在後宮興風作浪；朱成翊也來到京城，和嚴世蕃勾結一氣，貪淫無道；景王和裕王爭奪太子之位，嚴嵩和徐階兩派政治鬥爭激烈。李時珍捲入這波瀾詭譎陰謀重重的宮廷鬥爭之中…… 　　李時珍發現萇葶體內有鉛中毒的跡象，於是勸解萇葶暫停服丹，萇葶不聽，兩人發生激烈爭執。 　　李時珍向嘉靖進言，請求皇上別再服食丹藥，嘉靖大怒，駁回他重修本草的提議。嘉靖吃了萇葶進獻的長生不老丹藥，忽然病重暈倒。嚴嵩父子趁機把責任推到李時珍身上，將其下獄。 　　郡主查出其實始作俑者是朱成翊和嚴世蕃採辦回來的假鹿茸。嚴世蕃將朱成翊推到前面成為替罪羊。嘉靖將朱成翊斬首，荊王痛失愛子。 　　李時珍終於進入太醫院禁地查找武宗之死的真正原因，他發現武宗之死竟是一個巨大的陰謀，而且與嘉靖有關……李時珍為華南洗冤昭雪的想法成為泡影。 　　郡主積毒已久，終於身亡。李時珍心灰意冷，萌生去意。他將全部精力投入到修本草上，希望從此人們能辨別真偽，世間不再有假藥害人。 　　李時珍回到蘄州，風餐露宿，親身試藥，為修本草收集第一手資料。 　　當年的倭寇小藤以商人身份來找李時珍拜師學醫。李時珍見其誠懇，收留了他。小藤發現《本草綱目》書稿，頓生賊心。他趁李時珍不備，偷走書稿。 ...