《打黑重案組》故事發生在南方市,當地的公安局打黑重案組遭遇到一樁棘手案件。在破案過程中,重案組受到各種各樣的阻撓,案件偵破幾度中斷。但公安局長和乾警們不為困難所阻,不顧自己和家人所遭受的苦痛,堅持調查最終查清案情,一舉打掉了南方市的黑惡組織。
2006年初秋,濱州市、香港喬氏地產公司駐濱州市項目代表鄭天京被人在住所謀殺,他的屍體當晚被埋進了工地垃圾堆中……
市公安局長陸嘯天(盧奇飾)命刑警支隊重案組長劉英來(祝延平飾)率重案組成員姚晃(吳樾飾)、依蔓(李依蔓飾)和飛飛(馬丁諾飾)趕到案發現場投入偵查工作。重案組嚴格對死者死亡時間保密,發現死者與龍心集團董事長張偉及其部屬有密切聯系。張偉出身黑社會團夥,掌控濱州市黑白兩道……
同時,被劉英傑逮捕的殺手大腳(李槐龍飾)從服刑地新疆脫逃,潛回濱州市,被老大張偉窩藏起來。大腳仇視劉英傑,打算乾掉劉英傑……重案組民警李曉(於齡童飾)和派出所民警聯手捉拿大腳,大腳老姦巨滑溜掉。張偉得知大腳出外生事,將他訓斥一頓,命他在密室上網,不準外出……