故事發生在一年戰爭期間，正和初代高達的故事平行。到地球戰線赴任的年輕聯邦軍官斯羅·亞瑪達，在一次偶然的交火中，結識了敵人、也就是吉恩軍的女駕駛員愛娜·薩哈林。這一對互相抱有好意的年輕人，因為正屬於敵對的兩方，所以不得不互相戰鬥，在戰爭中苦苦維持自己的感情；另一方面，斯羅和他所帶領的、第08MS小隊的隊員們，也在不斷的戰鬥中逐步培養起友誼和信賴。