距離與維克特路基艾爾的決戰已經過了一年,光(根岸拓哉 飾)結束了一年的海外進修,回到了日本。此時,咲夜(小池里奈飾)和瑪娜(最上もが飾)也一起加入了UPG,組成了新生UPG。然而,和平卻沒能一直持續下去,雫丘的上空突然出現了謎樣的時空城,以及呼喊著“封印所有奧特曼”的超時空魔神艾塔魯伽和女戰士阿蕾娜(小宮有紗飾)。銀河和維克特利同UPG一起與艾塔魯伽、阿蕾娜展開了戰鬥,但卻遭遇了苦戰。
戰鬥中,從別的宇宙趕來的青年春野武藏(杉浦太陽飾)和賽羅奧特曼出現了。為了打倒艾塔魯伽,賽羅給光、勝(宇治清高飾)進行了特訓。UPG也為了解救被封印的奧特曼,和武藏一起突入進了時空城…