22世紀末,被人類稱作“加米拉斯”的不明外星生物盤踞火星,並持續向地球發射帶有強烈放射性物質的游星炸彈,致使地球人死傷無數,瀕臨滅絕,被迫轉到地下求生。在這緊要關頭,人類組成宇宙艦隊遠徵火星,結果幾乎全軍覆沒,僥幸逃回的大和號成為人類最後的希望。與此同時,一個神秘裝置穿越萬里銀河墜落地球,經檢測發現該裝置竟然能消除放射性物質。為了從裝置的主人——麥哲倫星雲伊斯坎達爾星的高智慧生物那里尋求幫助,人類決定孤註一擲,派遣大和號進行這次遠徵。火星之戰中失去哥哥的原宇宙艦隊成員古代進(木村拓哉 飾)應召歸隊,和一眾好友成為了見證偉大歷史時刻的一員。而得知人類動向的加米拉斯也發起了一波波的致命攻擊……
本片根據松本零士的同名原著改編。