2000年血腥除夕夜,賢知(唐澤壽明 飾)一派拼盡全力阻撓“朋友”的人類滅絕計劃,但他們的反抗以失敗告終。是夜過後,賢知一派被誣為屠殺人類的恐怖分子,而“朋友”則堂而皇之成為了救世主,為萬眾膜拜和敬仰。
2015年,賢知的甥女遠藤神乃(平愛梨 飾)已成長為特立獨行的青春女孩,她十分反感教科書對舅舅的污蔑,經常和老師發生爭論。最終,校方決定將她和另一位曾對血腥除夕夜提出質疑的女孩小泉響子(木南晴夏 飾)送入“朋友樂園”。與此同時,曾在“朋友樂園”接受改造的異裝癖男子偶然得知“朋友”的秘密,被警方殺害。目睹這一幕的神乃決定進入“朋友樂園”一探究竟。
另一方面,新的萬國博覽會將在日本召開,羅馬教宗亦會在此時造訪日本。被關在螢火蟲集中營的阿區(豐川悅司 飾)越獄而出,賢知一派幸存的同志們紛紛聚首。在這個暗潮洶涌的時刻,人類的命運將再次改寫……
本片根據浦澤直樹同名漫畫改編。
(影片簡介中涉及的人名均以原著漫畫中文版翻譯為準)