故事出自連拍三集的《倩女幽魂》,徐克二維人物動作結合三維背景電腦處理,成為卡通漫畫版。電影制作歷時四年,糅合了日本動畫和中國傳統中國板畫風格。
寧採臣(林海峰 配音)在鬼城郭北縣遇上了一個令他一見鐘情的女鬼小倩(袁詠儀 配音),可惜小倩只想吸取寧的陽氣給姥姥(陳慧琳 配音),卻意外地救了寧一命。這時道士燕赤霞(黃沾 配音)來到,鬼怪們逃命,寧舍命救了小倩。為免小倩為難,自願與小倩去見姥姥。當姥姥要吸寧的陽氣時,小倩改變了初衷,救了寧。寧與小倩海誓山盟,願來世再續緣。當他們投胎時,遇到了來報復的黑山老妖,後來被跟來的燕殺死。但是以掃除一切妖魔鬼怪為目標捉鬼大師白雲(黃敏民 配音)和十方(葛民輝 配音)卻要消滅所有投胎的妖怪,燕不得不與他們鬥法,最後兩敗俱傷。經歷了種種磨練,寧終於得以與小倩重逢,再也不分離……