八國聯軍入京,朝廷出奔,舉國局勢一度混亂。黃飛鴻(趙文卓 飾)與父親黃麒英(劉詢 飾)、十四姨(王靜瑩 飾)、徒弟梁寬(莫少聰 飾)、鬼腳七(熊欣欣 飾)一行人南下番禹,欲與十三姨(關之琳 飾)、豬肉榮(鄭則仕 飾)、牙擦蘇(郭晉安 飾)匯合。師徒於路同擔心海盜奪糧的南粵米倉發生誤會,兩幫人不打不相識,黃飛鴻助其將盜米賊扭送衙門,驚覺盜米竟是差役領班謝四(張鐵林 飾)指使。原來南海海盜趁局勢混亂,活動頻繁,使番禹一地早無官員統制,差役不得已靠偷盜維持口糧。黃飛鴻有感謝四等人忠義,遂放棄赴港計劃,與當地海盜單眼英、張玉麟、張保仔等人展開連場搏殺……
本片是徐克執導黃飛鴻系列的第五部。