紐約市下水道，四只小海龜和一只小老鼠由於接觸了含有放射性物質的凝膠而變異為巨大的人化生物。暴躁沖動卻富有激情的拉斐爾（喬什·帕斯 Josh Pais飾），幽默風趣的的米開朗基羅（邁克林·西提 Michelan Sisti飾），個性沉穩的多納泰羅（雷夫·提勒頓 Leif Tilden飾）以及他們的領導者達芬奇（大衛·福爾曼 David Forman飾），這四只功夫高強的忍者龜便肩負起為紐約市除暴安良的神聖使命。他們神勇無比、所向匹敵，在多次行俠仗義後，與城市里的一個神秘組織結怨。神秘組織展開一次突襲，由於寡不敵眾，忍者神龜受了重傷，同時，他們的老師也被這個神秘組織抓去。